A Comissão Nacional Eleitoral é dirigida por um magistrado judicial, que a preside, oriundo de qualquer órgão, escolhido na base de concurso curricular e designado pelo Conselho Superior da Magistratura Judicial, o qual suspende as suas funções judiciais após a designação;
Ao abrigo da alínea a) do número 1 do artigo 143º da Lei Orgânica Sobre as Eleições Gerais, preside a Comissão Nacional Eleitoral desde o dia 19 de Fevereiro de 2020, o Juiz de Direito, Ph.D. Manuel Pereira da Silva.
Competências do Presidente Artigo 18º (Lei nº12/12, de 13 de Abril)
O Presidente da Comissão Nacional Eleitoral tem as seguintes competências:
a) Presidir o Plenário da Comissão Nacional Eleitoral;
b) Representar a Comissão Nacional Eleitoral;
c) Convocar e propor a agenda das sessões do Plenário da Comissão Nacional Eleitoral;
d) Coordenar e superintender, coadjuvado pelos Membros, todas as actividades dos órgãos centrais e locais da Comissão Nacional Eleitoral;
e) Conferir posse aos membros das Comissões Provinciais Eleitorais;
f) Assinar e mandar publicar os actos da Comissão Nacional Eleitoral;
g) Nomear e exonerar os titulares dos cargos de direcção e chefia, ouvido o Plenário;
h) Assinar os cartões de identificação dos Membros das Comissões Provinciais e Municipais Eleitorais;
i) Nomear e exonerar o pessoal técnico e administrativo da Comissão Nacional Eleitoral, nos termos da lei;
j) Promover e assegurar a guarda, a conservação e o uso parcimonioso do património da Comissão Nacional Eleitoral;
k) Exercer o voto de qualidade;
l) Exercer o poder disciplinar nos termos da lei;
m) Exercer as demais funções que lhe sejam atribuídos por lei e pelo Plenário.
Substituição do Presidente Artigo 20º (Lei nº12/12, de 13 de Abril)